События сериала происходят вокруг девушки по кодовому имени Ноль Два. Она, как и другие персонажи в её окружении, идентифицируется подобным номером. В начале повествования героиня страдает от потери памяти неизвестного происхождения. Единственное, что она может чётко вспомнить, — это факт своего заключения. Её прошлое до заточения остаётся для неё недоступным. Периодически в её памяти возникают фрагменты воспоминаний о женщине, исполнявшей роль матери. Эта женщина сыграла значительную роль в её становлении. Позже героиня вспоминает, как та же женщина принесла ей книгу с иллюстрациями.
Содержание книги не привлекло внимания Ноль Два, в отличие от изображений в ней. В ходе развития сюжета выясняется, что несколько лет назад над героиней проводились нестандартные эксперименты в месте под названием «Сад». Это была лаборатория, специализировавшаяся на подобных исследованиях. Находясь в этой лаборатории, Ноль Два встречает мальчика по имени Хиро, имеющего кодовый номер Ноль Шестнадцать. Они совместно предпринимают попытку побега из учреждения.
Побег оказывается неудачным, и их задерживают практически сразу. В этот момент Хиро даёт обещание жениться на Ноль Два. После поимки обоим беглецам полностью стирают память, в результате чего они забывают друг о друге. Однако позже у Ноль Два начинают возвращаться воспоминания о человеке, к которому она испытывала чувства. Это побуждает её начать поиски, чтобы вновь его найти.
