Вперёд, Анпанман! Давайте победим корабль с привидениями!!

Алхимия представлена как дисциплина, основанная на строгих принципах. Её фундаментальными законами являются сохранение материального баланса и запрет на создание человека. Братья Эдвард и Альфонс Элрик, изучавшие эту науку с детства, решают нарушить главный запрет, чтобы воскресить свою умершую мать.

Попытка проведения запрещённого ритуала приводит к тяжёлым последствиям. В результате неудачи Эдвард теряет левую ногу, а Альфонс — всё физическое тело, его сознание перемещается в пустые доспехи. Чтобы исправить содеянное и вернуть свои тела, братья принимают решение найти философский камень — легендарный артефакт, способный обойти законы алхимии.

С целью получения ресурсов и доступа к информации Эдвард становится государственным алхимиком на службе у военных сил Аместриса. Это положение обязывает его выполнять задания командования, но также даёт возможность исследовать природу философского камня. Братья отправляются в путешествие по стране, в ходе которого сталкиваются с другими алхимиками, государственными интригами и последствиями прошлых экспериментов.